Traitement des données in-situ: HPC + traitement des données in-situ

L'objectif principal de cette formation est d'étudier les différents modèles de systèmes in situ et d'appliquer certains de ces modèles à un code de dynamique moléculaire conçu pour les supercalculateurs exaflopiques, ainsi qu'au développement de bibliothèques d'algèbre linéaire.
Les TDs/TPs consisteront en une mise en œuvre effective d'un système in situ à base de tâches de calcul et de threads dans le code de dynamique moléculaire, pour la patrtie dynamique moléculaire.

Connaissances d'OpenMP, de MPI et de C++

Les TD et TP s'intéresseront à l'utilisation de bibliothèques et aux développements d'outils permettant de créer ses propres logiciels d'analyse et de visualisation 3D. Les technologies utilisées seront notamment Python, C++, VTK, VisIt, Paraview.

L'ère de l'ExaScale creusera encore plus l'écart entre la vitesse de génération des données de simulations et la vitesse d'écriture et de lecture pour analyser ces données en post-traitement. Le temps jusqu' à la découverte scientifique sera donc grandement impacté et de nouvelles techniques de traitement des données doivent être mises en place. Les méthodes in situ réduisent le besoin d'écrire des données en les analysants directement l à où elles sont produites. Il existe plusieurs techniques, en exécutant les analyses sur les mêmes nœuds de calcul que la simulation (in situ), en utilisant des nœuds dédiés (in transit) ou en combinant les deux approches (hybride). La plupart des méthodes in situ ciblent les simulations qui ne sont pas capables de tirer profit à 100% du nombre croissant de cœurs par processeur.
Le module se focalisera sur la visualisation de données in-situ dans le cadre d'une application scientifique.